哲宗元符三年春正月，帝崩。皇太后向氏哭謂宰臣曰：「國家不幸，大行皇帝無嗣，事須早定。」章惇抗聲曰：「在禮、律，當立母弟簡王似。」太后曰：「老身無子，諸王皆神宗庶子，莫難如此分別。」惇復曰：「以長則申王佖當立。」太后曰：「申王有目疾，不可。於次則端王佶立。」惇曰：「端王輕佻，不可以君天下。」言未畢，曾布叱之曰：「章惇未嘗與臣商議，如皇太后聖諭極當。」蔡卞、許將相繼曰：「合依聖旨。」太后又曰：「先帝嘗言端王有福壽，且仁孝。」於是惇默然。乃召端王入，即位於柩前。羣臣請太后權同處分軍國事，後以長君辭。帝拜泣移時，乃許之。端王神宗第十一子也。
三月辛卯，以四月朔日當食，詔求直言。筠州推官崔鶠上書曰：「臣聞諫爭之道，不激切不足以起人主意，激切則近訕謗。夫爲人臣而有訕謗之名，此讒邪之論所以易乘，而世主所以不悟，天下所以捲舌吞聲，而以言爲戒也。臣嘗讀史，見漢劉陶、曹鸞，唐李少良之事，未嘗不掩卷興嗟，矯然山林不返之意。比聞國家以日食之異詢求直言，伏讀詔書，至所謂言之失中，朕不加罪。蓋陛下披至情，廓聖度，以來天下之言如此，而私祕所聞不敢一吐，是臣子負陛下也。方今政令煩苛，民不堪擾，風俗險薄，法不能勝，未暇一二陳之，而特以判左右之忠邪爲本。臣生於草萊，不識朝廷之士，特怪左右之人有指元祐之臣爲奸黨者，必邪人也。使漢之黨錮，唐之牛、李之禍將復見於今日，甚可駭也。夫譭譽者，朝廷之公議。故責授朱崖軍司戶司馬光，左右以爲奸，而天下皆曰忠。今宰相章惇，左右以爲忠，而天下皆曰奸。此何理也。臣請略言奸人之跡。夫乘時抵巇以盜富貴，探微揣端以固權寵，謂之奸可也。苞苴滿門，私謁踵路，陰交不逞，密結禁廷，謂之奸可也。以奇使淫巧蕩上心，以倡優女色敗君德，獨操賞罰，自報恩怨，謂之奸可也。蔽遮主聽，排斥正人，微言者坐以刺譏，直諫者陷以指斥，以杜天下之言，掩滔天之罪，謂之奸可也：凡此數者，光之有乎。惇之有乎。夫有實者名隨之，無其實而有其名，誰肯信之。傳曰：謂狐爲狸，非特不知狐，又不知狸。是故以佞爲忠，必以忠爲佞，於是乎有謬賞濫罰。賞謬罰濫，佞人徜徉，如此而國不亂，未之有也。光忠信直諒，聞於華、夷，雖古名臣未能過，而謂之奸，是欺天下也。至如惇，狙詐兇險，天下士大夫呼曰惇賊。貴極宰相，人所具瞻，以名呼之，又指爲賊，豈非以其孤負主恩，玩竊國柄，忠臣痛憤，義士不服，故賊而名之，指其實而號之以賊邪。京師語曰：大惇、小惇，殃及子孫。謂惇與其御史中丞安惇也。小人譬之蝮蠍，其兇忍害人，根乎天性，隨遇必發。天下無事，不過賊陷忠良，破碎善類，至緩急危疑之際，必自反覆，畜跋扈不臣之心。比年以來，諫官不論得失，御史不劾奸邪，門下不駁詔令，共持喑默，以爲得計。昔李林甫竊相位十有九年，海內怨痛，而人主不知。頃鄒浩以言事得罪，大臣拱而觀之，同列無一語者，又從而擠之。夫以股肱耳目，治亂安危所繫，而一切若此，陛下雖有堯、舜之聰明，將誰使言之，誰使行之。夫日，陽也，食之者，陰也。四月正陽之月，陽極盛陰極衰之時，而陰乾陽，故其變爲大。惟陛下畏天威，聽明命，大運幹剛，大明邪正，毋違經義，毋鬱民心，則天意解矣。若夫伐鼓用幣，素服徹樂，而無修德善政之實，非所以應天也。」帝覽而善之，以爲相州教授。
召龔刔殿中侍御史，陳瓘、鄒浩爲左、右正言，韓忠彥等薦之也。御史中丞安惇言：「鄒浩復用，慮彰先帝之失。」帝曰：「立後，大事也，中丞不言，而浩獨敢言，何爲不可復用。」惇懼而退。陳瓘言：「陛下欲開正路，取浩既往之善。惇乃狂惑主聽，規騁其私，若明示好惡，當自惇始。」遂出惇知潭州。
夏四月丁巳，復範純仁等官。時純仁在永州，帝遣中使賜以茶藥，諭之曰：「皇帝在藩邸，太皇太后在宮中，知公先朝言事忠直，今虛相位以待。不知目疾如何，用何人醫之。」純仁頓首謝。徙居鄧州，在道，拜觀文殿大學士、中太乙宮使。制詞有曰：「豈惟尊德尚齒，昭示寵優，庶幾鯁論嘉謀，日聞忠告。」純仁聞制，泣曰：「上果用我矣，死有餘責。」既又遣中趣純仁入覲，純仁乞歸養疾，帝不得已，許之。每見輔臣，問安否，且曰：「範純仁得一識面足矣。」時蘇軾亦自昌化移廉，徙永，更三赦，復提舉成都玉局觀。
乙酉，蔡卞罷。卞專託紹述之說，上欺天子，下脅同列，凡中傷善類，皆密疏建白，然後請帝親札付外行之。章惇雖鉅奸，然猶在其術中。惇輕率不思，而卞深阻寡言，議論之際，惇毅然主持，卞或噤無一語。一時論者以爲惇跡易明，卞心難見。至是，龔刔惇、卞之惡，大略以爲「昔日丁謂當國，號爲恣睢，然不過陷一寇準而已。及惇，則故老、元輔、侍從、臺省之臣，凡天下之所賢者，一日之間，佈滿嶺海，自有宋以來，未之聞也。當是時，惇之威勢震於海內，此陛下所親見。蓋其立造不根之語，文致悖逆之罪，是以人人危懼，莫能自保，俾忠臣義士朽骨銜冤於地下，子孫禁錮於炎荒，海內之人憤悶而不敢言，皆以歸怨先帝。其罪如此，尚何俟而不正典刑哉。卞事上不忠，懷奸深阻，凡惇所爲，皆卞發之，爲力居多。望採公論，昭示顯黜。」未報，臺諫陳師錫、陳次升、陳瓘、任伯雨、張庭堅等極論卞罪浮於惇，乞正典刑，以謝天下。乃出知江寧。臺諫論之不已，遂以祕書少監，分司池州。
己丑，追覆文彥博、王珪、司馬光、呂公著、呂大防、劉摯等三十三人官。韓忠彥言之，遂有是詔。六月，陳瓘論邢恕矯誣定策之罪，安置均州。
九月辛未，章惇罷。惇爲相，專國復怨，引蔡卞、林希、黃履、來之邵、張商英等居要地，任言責。由是正人無一得免，死者禍及其孥，屢興大獄以陷忠良，天下嫉之。及兼山陵使，靈輿陷淖中，逾宿而行。臺諫豐稷等劾其不恭，罷知越州。
冬十月丙申，安惇、蹇序辰除名，放章惇於潭州。惇既罷，陳瓘等以爲責輕，復論「惇在紹聖中置看詳元祐訴理局，凡於先朝言語不順者，加以釘足、剝皮、斬頸、拔舌之刑，其慘刻如此。看詳之官如安惇、蹇序辰等，受大臣諷諭，迎合紹述之意，傳致語言，指爲謗訕，遂使朝廷紛紛不已。考之公論，宜正典刑。」於是二人併除名，放歸田裏，而貶惇武昌節度副使，居潭州。
蔡京、林希罷。時侍御史陳師錫上疏言：「京、卞同惡，迷國誤朝，而京好大喜功，日夜結交內侍、戚里，以覬大用。若果用之，天下治亂自是而分，祖宗基業自是而隳矣。」龔刔言：「蔡京治文及甫獄，本以償報私仇，始則上誣宣仁，終則歸咎先帝，必將族滅無辜，以逞其欲。臣料當時必有案牘章疏，可以見其鍛鍊附會。願考證其實，以正奸臣之罪。」皆未報。會中丞豐稷召自河南，初入對，與京遇，京謂之曰：「天子自外服召公中執法，今日必有高論。」稷正色曰：「行自知之。」是日論京奸狀，帝猶未納。臺諫陳瓘、江公望等相繼言之，帝亦不聽。稷曰：「京在朝，吾屬何面目居此。」復力論之，始出知永興軍。言者不已，乃奪職居杭州。右司諫陳祐復論林希紹聖初黨附權要詞命醜詆之罪，乃削端明殿學士，徙知揚州。
丁酉，以韓忠彥、曾布爲尚書左、右僕射，兼門下、中書侍郎。布初附章惇，凡惇所爲，多布所建白，及不得同省，始與乖異。元符中，惇以士心不附，欲薦引名士，且乞正所奪司馬光、呂公著等贈諡。布以爲無益，沮之，且奏「人主操柄，不可倒持。今自丞弼以至言者，知畏宰相，不知畏陛下。」其意蓋欲傾惇，會哲宗崩而止。及帝即位，銳意圖治，延進忠鯁，布因力排紹聖之人而去之。既拜相，其弟翰林學士肇引嫌出知陳州，言於布曰：「兄方得君，當引用善人，翊正道，以杜惇、卞復起之萌。而數月以來，所謂端人吉士，繼跡去朝，所進以爲輔佐、侍從、臺諫，往往皆前日事惇、卞者。一旦勢異今日，必首引之以爲固位計，思之可爲慟哭。比來主意已移，小人道長，進則必論元祐人於帝前，退則盡排元祐人於要路。異時惇、卞縱未至，一蔡京足以兼二人，可不深慮乎？」布不能從。布之拜相也，御史中丞豐稷欲率臺屬論之，遂遷稷工部尚書。稷力乞補外，不允，謝表有「內侍已成於怨府，佞人方剡於奏章。」之語，上問佞人爲誰，曰：「曾布。陛下斥布則天下事定矣。」
己未，詔禁曲學偏見，妄意改作，以害國事者。
十一月庚午，詔改明年元，時議以元祐、紹聖均有所失，欲以大公至正，消釋朋黨，遂改元爲建中靖國。詔下，御史中丞王覿言：「建中之名，雖取皇極，然重襲前代紀號，非是。宜以德宗爲戒。」時任事者多乖異不同，覿言：「堯、舜、禹相授一道，堯不去四凶而舜去之，堯不舉元、凱而舜舉之，事未必盡同。文王作邑於豐，而武王治鎬。文王關市不徵，澤梁無禁，周公徵而禁之，不害其爲善繼善述。神宗作法於前，子孫當守於後，至於時異事殊，須損益者損益之，於理固未爲有失也。」當國者忿其言，遂改爲翰林學士。由是邪正雜進矣。初，曾布密陳紹述之說，帝不能決，以問給事中徐績，績對曰：「聖意得非欲兩存乎。天下之事有是與非，朝廷之人有忠與佞，若不考其實，姑務兩存，臣未見其可也。」
徽宗建中靖國元年春正月壬戌朔，有流星光燭地，自西南入尾抵距星。是夕，有赤氣起東北，至西南，中函白氣，將散，復有黑祲在旁。右正言任伯雨言：「正歲之始，建寅之月，其卦爲泰，年當改元。時方孟春，而赤氣起於暮夜之幽。以一日言之，日爲陽，夜爲陰。以四方言之，東南爲陽，西北爲陰。以五色推之，赤爲陽，黑與白爲陰。以從事推之，朝廷爲陽，宮禁爲陰，中國爲陽，外國爲陰，君子爲陽，小人爲陰。此宮禁陰謀，下幹上之證也。漸衝正而西散爲白，而白主兵，此夷狄竊發之證也。天心仁愛，以災異爲警戒。陛下進忠良，絀邪佞，正名分，擊奸惡，使小人無得生犯上之心，則災異可變爲休祥矣。」又言：「比日內降浸多，或恐矯傳制命。漢之鴻都賣爵，唐之墨敕斜封，此近監也。」
範純仁卒，遺表言：「宣仁之誣謗未明，致保祐之憂勤不顯。」又勸帝「清心寡慾，約己便民，絕朋黨之論，察邪正之歸」，凡八事。諡忠宣。
二月丁巳，貶章惇爲雷州司戶參軍。初，任伯雨論章惇「久竊朝柄，迷國罔上，毒流縉紳，乘先帝變故倉卒，輒逞異志，睥睨萬乘，不復有臣子之恭。向使其計得行，將置陛下與皇后於何地。若貸而不誅，則天下大義不明，大法不立矣。臣聞北使言：去年遼主方食，聞中國黜惇，放箸而起，稱善者再，謂南朝錯用此人。北使又問：何爲只若是行遣。以此觀之，不獨孟子所謂國人皆曰可殺，雖蠻貊之邦，莫不以爲可殺也。」章八上，未報。會臺諫陳瓘、陳次升等復極論之，乃貶惇爲雷州司戶參軍。初，蘇轍謫雷州，不許佔官舍，遂僦民屋。惇又以爲強奪民居，下州追民究治，以僦券甚明，乃止。至是，惇問舍於民，民曰：「前蘇公來，爲章丞相幾破我家，今不可也。」後徙睦州，死。
三月，罷權給事中任伯雨。伯雨初爲右正言，半歲之間，凡上一百八疏。大臣畏其多言，俾權給事中，密諭以少默即爲真，伯雨不聽，抗論愈力。時曾布欲和調元祐、紹聖之人，伯雨言：「人才固不當分黨與，然自古未有君子、小人雜然並進可以致治者。蓋君子易退，小人難退，二者並用，終於君子盡去，小人獨留。唐德宗坐此致播遷之禍，建中乃其紀號，不可以不戒。」既而欲劾布，布覺之，徙爲度支員外郎。
六月戊午，尚書範純禮罷。時韓忠彥雖首相，而曾布專政，漸進紹述之說，諷中丞趙挺之排擊元祐諸臣。純禮從容言於帝曰：「邇者朝廷命令，莫不是元豐而非元祐。以臣觀之，神宗立法之意固善，吏推行之或有失當，以致病民。宣仁聽斷，一時小有潤色。蓋大臣識見異同，非必盡懷邪爲私也。今議論之臣有不得志，故挾此以藉口，以元豐爲是則欲賢元豐之人，以元祐爲非則欲斥元祐之士，其心豈恤國事。直欲快私忿以售其奸，不可不深察也。」純禮沉毅剛正，曾布憚之，謂駙馬都尉王詵曰：「上欲除君承旨，範右丞不可。」詵怒。會詵館遼使，純禮主宴，詵誣其輒斥御名，遂罷知潁昌府。
帝初政，虛心納諫，海內想望，庶幾慶曆之治。曾布入相，遂右紹述。諫官陳祐六疏劾之，不從，賜罷，降敕以觀望推引責之。右司諫江公望聞而求對，面請其故，上曰：「祐意在逐布引李清臣爲相耳。」公望言：「臣不知其他，但近者易言官者三，逐諫官者七，非朝廷美事。」因袖疏力言豐、祐政事得失，且曰：「陛下若自分彼此，必且起禍亂之源。」上意感格，業從之矣，會前太學博士範致虛上書言：「太學取士法不當變。」且言：「臣讀御製泰陵挽章曰：同紹裕陵。此陛下孝弟之本心也。臣願守此而已。」江公望又上疏言：「自先帝有紹述之意，輔政非其人，以媚於己爲同，忠於君爲異，借威柄以快私隙，使天下騷然，泰陵不得盡繼述之美。元祐人才皆出於熙、豐培養之餘，遭紹聖竄逐之後，存者無幾矣。神考與元祐之臣，其先非有射鉤、斬袪之隙也，先帝信仇人而黜之。陛下若立元祐爲名，必有元豐、紹聖爲之對，有對則爭興，爭興則黨復立矣。陛下改元詔旨亦稱：思建皇極，端好惡以示人，本中和而立政。皇天后土，實聞斯言。今若渝之，奈皇天后土何。」帝嘗以示範純禮，純禮讚之，乞褒遷公望以勸來者。會蔡王府相告，有不遜語及於王，公望乞勿以無根之言加諸至親，遂坐罷。
秋七月丙戌，安燾罷。時燾密奏「紹聖、元符以來用事者，假紹述之虛名以誑惑君父，上則欲固位而挾私仇，下則欲希進而肆朋附，併爲一談，牢不可破。彼自爲謀則善矣，未嘗有毫髮爲朝廷計也。當熙寧、元豐間，內外府庫無不充衍，自紹聖、元符以來，傾府庫，竭倉廩，以供開邊之費。願陛下罷無益之人，厚公私之積，早計而預圖之，則天下幸甚。」又言：「東京黨禍已萌，願戒履霜之漸。」語尤激切。上不悅，遂自樞密院出知河陽府。
八月，陳瓘上疏言：「臣嘗乞別修神宗實錄以成一代之典，而不聞施行，蓋紹聖史臣今爲宰相故也。」不報。瓘議論持平，務存大體，不以細故藉口，未嘗及人晻昧之過，時兼權給事中。曾布專主紹述，取王安石熙寧間所記日錄以爲依據，欲引瓘附己，使人語瓘謂將去權即真。瓘語子正匯曰：「吾與宰相議事多不合，今若此，是欲以官爵相餌也。」明日，遂投書於布，論其「尊私史而壓宗廟，緣邊費而壞先政，違神考之志，壞神考之事。即此二者，天下所共知，而聖主不得聞其說。矇蔽之患，孰大於此。」布得書大怒。瓘復錄所上布書及所嘗著日錄辨、國用須知以上三省，且乞敷奏早行竄黜，遂黜瓘知泰州。瓘始著合浦尊堯集，爲十論，盡辨其所紀載，猶未證言王安石之非。及北歸，又著四明尊堯集，爲八門：曰聖訓，曰論道，曰獻替，曰理財，曰邊機，曰論兵，曰處已，曰寓言，始條分而件析之，無婉詞矣。
冬十月，召陸佃爲禮部侍郎。佃上疏曰：「近時士大夫相傾競進，以善求事爲精神，以能訐人爲風采，以忠厚爲重遲，以靜退爲卑弱，相師成風，莫之或止，正而救之，實在今日。夫善續前人者，不必因所爲，否者賡之，善者揚焉。元祐紛更，是知賡之而不知揚之之罪也。紹聖稱頌，是知揚之而不知賡之之過也。願諮謀仁賢，詢考政事，惟其當之爲貴，大中之期亦在今日也。」遂命修哲宗實錄，遷吏部尚書，拜尚書右丞。
十一月庚辰，詔改明年爲崇寧。