哲宗元祐八年冬十月，帝始親政。時太后既崩，中外洶洶，人懷顧望，在位者畏懼，莫敢發言。翰林學士範祖禹慮小人乘間害政，上疏曰：「陛下方攬庶政，延見羣臣，今日乃國家隆替之本，社稷安危之機，生民休慼之端，君子小人進退消長之際，天命人心去就離合之時也。可不畏哉。先後有大功於宗社，有大德於生靈，九年之間，始終如一。然羣小怨恨，亦不爲少，必將以改先帝之政，逐先帝之臣爲言，以事離間，不可不察也。先後因天下人心變而更化，既改其法，則作法之人有罪當退，亦順衆言而逐之。是皆上負先帝，下負萬民，天下之所仇疾而欲去之者也，豈有憎惡於其間哉。唯辨析是非，深拒邪說，有以奸言惑聽者，付之典刑，痛懲一人以警羣慝，則帖然無事矣。此等既誤先帝，又欲誤陛下，天下之事，豈堪小人再破壞耶？」時蘇軾方具疏將諫，及見祖禹奏，曰：「經世之文也。」遂附名同進而毀已草。疏入，不報。會有旨召內侍劉瑗、樂士宣等十人復職，祖禹又諫曰：「陛下親政以來，未聞訪一賢臣，而所召乃先內侍。四海必謂陛下私於近習，不可。」弗聽。侍講豐稷亦以爲言，出知潁州。範祖禹復請對，曰：「熙寧之初，王安石、呂惠卿造立新法，悉變祖宗之政，多引小人以誤國，勳舊之臣屏棄不用，忠正之士相繼遠引。又用兵開邊，結怨外夷，天下愁苦，百姓流徙。賴先帝覺悟，罷逐兩人，而所引羣小已佈滿天下，不可復去。蔡確連起大獄，王韶創取熙河，章惇開五溪，沈起擾交管，沈括、徐禧、俞允、種諤興造西事，兵民死傷者不下二十萬。先帝臨朝悼悔，謂朝廷不得不任其咎。以至吳居厚行鐵冶之法於京東，王子京行茶法於福建，蹇周輔行鹽法於江西，李稷、陸師閔行茶法、市易於西川，劉定教保甲於河北，民皆愁痛嗟怨，比屋思亂。賴陛下與先後起而救之，天下之民，如解倒懸。惟向來所斥逐之人，窺伺事變，妄意陛下不以修改法度爲是，如得至左右，必進奸言。萬一過聽而復用之，臣恐國家自此陵遲不復振矣。」又言：「漢有天下四百年，唐有天下三百年，及其亡也，皆由宦官，同一軌轍，蓋與亂同事，未有不亡者也。漢自元帝任用石顯，委以政事，殺蕭望之、周堪，廢劉向等，漢之基業壞於元帝。唐自明皇使高力士省決章奏，宦官遂盛，李林甫、楊國忠皆自力士以進，唐亡之禍基於開元。熙寧、元豐間，李憲、王中正、宋用臣輩用事總兵，權勢震灼。中正兼幹四路，口敕募兵，州郡不敢違，師徒凍餒，死亡最多。憲陳再舉之策，致永樂摧陷。用臣興土木之工，無時休息，罔市井之微利，爲國斂怨。此三人者，雖加誅戮，未足以謝百姓。憲雖已亡，而中正、用臣尚在，今召內臣十人，而憲、中正之子皆在其中。二人既入，則中正、用臣必將復用，臣所以敢極言之。」上曰：「所召內臣，朕豈有意任用，止欲各與差遣爾。」祖禹乃退。
十二月，端明殿侍讀學士蘇軾乞外補，出知定州。時國事將變，軾不得入辭。既行，上書言：「天下治亂，出於下情之通塞。至治之極，小民皆能自通，迨於大亂，雖近臣不能自達。陛下臨御九年，除執政、臺諫外，未嘗與羣臣接。今聽政之初，當以通下情，除壅蔽爲急務。臣日侍帷幄，方當戍邊，顧不得一見而行。況疏遠小臣，欲求自通，難矣。然臣不敢以不得對之故不效愚忠。古之聖人將有爲也，必先處晦而觀明，處靜而觀動，則萬物之情畢陳於前。陛下聖智絕人，春秋鼎盛。臣願虛心循理，一切未有所爲，默觀庶事之利害與羣臣之邪正，以三年爲期，俟得其實，然後應物而作。使既作之後，天下無恨，陛下亦無悔。由此觀之，陛下之有爲，惟憂太早，不患稍遲，亦已明矣。臣恐急進好利之臣，輒勸陛下輕有改變，故進此說。敢望陛下留神社稷、宗廟之福，天下幸甚。」
呂大防爲山陵使，甫出國門，楊畏首叛大防，上疏言：「神宗更法立制以垂萬世，乞賜講求，以成繼述之道。」即召對，詢以先朝故臣孰可召用者，畏遂列上章惇、安燾、呂惠卿、鄧潤甫、李清臣等行義，各加題品。且言神宗所以建立法度之意與王安石學術之美，乞召章惇爲相。帝深納之，遂復章惇爲資政殿學士，呂惠卿爲中大夫，王中正復遙授團練使。給事吳安詩不書惇錄黃，中書舍人姚勔不草惠卿、中正誥詞，皆不聽。劉安世極諫章惇等不可用，貶出知成德軍。
紹聖元年二月丁未，以李清臣爲中書侍郎，鄧潤甫爲尚書右丞。潤甫首陳武王能廣文王之聲，成王能嗣文、武之道，以開紹述，故有是命。範純仁以時用大臣皆從中出，侍從、臺諫亦多不由進擬，乃言於帝曰：「陛下親政之初，四方拭目以觀，天下治亂，實本於此。舜舉皋陶，湯舉伊尹，不仁者遠。縱未能如古人，亦須極天下之選。」帝不納。
三月，策進士於集英殿，李清臣發策曰：「今復詞賦之選而士不知勸，罷常平之官而農不加富，可差可募之說雜而役法病，或東或北之論異而河患滋，賜土以柔遠也而羌夷之患未弭，弛利以便民也而商賈之路不通。夫可則因，否則革，惟當之爲貴，聖人亦何有必焉。」其意蓋絀元祐之政也。蘇轍諫曰：「伏見策題力詆近歲行事，有紹復熙寧、元豐之意。臣謂先帝設施，蓋有百世不可改者，元祐以來，上下奉行，未嘗失墜。至於事或失當，何世無之。父作於前，子救於後，前後相濟，此則聖人之孝也。漢武帝外事四夷，內興宮室，財用匱竭，於是修鹽鐵、榷酤、均輸之政，民不堪命，幾至大亂。昭帝委任霍光，罷去煩苛，漢室乃定。光武、顯宗以察爲明，以讖決事，上下恐懼，人懷不安。章帝深鑑其失，代之寬厚愷悌之政，後世稱焉。本朝真宗天書，章獻臨御，攬大臣之議，藏之梓宮。及仁宗聽政，絕口不言。英宗濮議，朝廷洶洶者數年，先帝寢之，遂以安靜。夫以漢昭、章之賢，與吾仁宗、神宗之聖，豈其薄於孝敬而輕事變易也哉。陛下若輕變九年已行之事，擢任屢歲不用之人，懷私忿而以先帝爲詞，大事去矣。」帝覽奏大怒，曰：「安得以漢武比先帝。」轍下殿待罪，衆莫敢救。範純仁從容言曰：「武帝雄才大略，史無貶詞，轍以比先帝，非謗也。陛下親事之始，進退大臣，不當如訶斥奴僕。」右丞鄧潤甫越次進曰：「先帝法度，爲司馬光、蘇轍壞盡。」純仁曰：「不然，法本無弊，弊則當改。」帝曰：「人謂秦皇、漢武。」純仁曰：「轍所論，事與時也，非人也。」帝爲之少霽。轍平日與純仁多異，至是乃服，曰：「公佛地位中人也。」轍竟落職，知汝州。及進士對策，考官第主元祐者居上，禮部侍郎楊畏覆考，乃悉下之，而以主熙、豐者置前列。自是紹述之論大興，國是遂變矣。
以曾布爲翰林學士承旨。初，司馬光諭布增損役法，布辭曰：「免役一事，法令纖悉皆出已手，遽自改易，義不可爲。」遂以戶部尚書出知太原府。至是，徙江寧，過京，留拜承旨。
夏四月，以張商英爲右正言。帝初即位，稍更新法之不便於民者，商英時爲開封推官，上書言：「三年無改於父之道，可謂孝矣。今先帝陵土未乾，即議變更，得爲孝乎？」復屢詣執政求進，且爲諛詞貽蘇軾，求入臺。呂公著聞之不悅，出爲河東提刑。至是，召爲右正言。商英在外久，積憾元祐大臣不用已，因極力攻之，上疏言：「神宗盛德大業，跨絕今古，而司馬光、呂公著、劉摯、呂大防援引朋儔，敢行譏議。凡詳定局之建明，中書之勘會，戶部之行遣，言官之論列，詞臣之誥命，無非指摘抉揚，鄙薄嗤笑，剪除陛下羽翼於內，擊逐股肱於外，天下之勢岌岌殆矣。今天日清明，誅賞未正。乞下禁省，檢索前後章牘，付臣等看詳籤揭以上。望陛下與大臣斟酌可否。」商英又論司馬光、文彥博奸邪負國，至比宣仁爲呂、武。全臺御史趙挺之等復會劾蘇軾草麻有「民亦勞止。」之語，以爲誹謗先帝，黜軾知英州。範純仁諫曰：「熙寧法度皆惠卿附會王安石建議，不副先帝愛民求治之意。至垂簾之際，始用言者，特行貶竄，今已八年矣。言者多當時御史，何故畏避不即納忠，今乃有是奏，豈非觀望耶？」帝不聽。
癸丑，白虹貫日。曾布上疏，請復先帝政事，且乞改元以順天意。帝從之，詔改元祐九年爲紹聖元年。於是天下曉然知帝意所向矣。
罷翰林院學士範祖禹。時帝欲相章惇，祖禹力言惇不可用，遂罷。
壬戌，以章惇爲尚書左僕射、兼門下侍郎。時帝有紹復熙、豐之志，首起惇爲相，於是專以紹述爲國是，遂引其黨蔡卞、林希、黃履、來之邵、張商英、周秩、翟思、上官均等居要地，任言責，協謀報復。惇之被召也，通判陳瓘從衆道謁之。惇聞瓘名，邀與同舟，詢當世之務。瓘因問惇曰：「天子待公爲政，敢問何先。」惇曰：「司馬光奸邪，所當先辨，勢無急於此。」瓘曰：「公誤矣。果爾，將失天下之望。」惇厲聲曰：「光不務纘述先烈，而大改成緒，誤國如此，非奸邪而何。」瓘曰：「不察其心而疑其跡，則不爲無罪。若指爲奸邪，又復改作，則誤國益甚矣。爲今之計，惟消朋黨，持中道，庶可以救弊。」又曰：「譬如此舟，移置之左則左重，移置之右則右重，俱不可也。熙寧未必全是，元祐未必全非。」惇不悅。帝既相惇，範純仁請去益力，乃以觀文殿大學士出知潁昌府。
召蔡京爲戶部尚書。
以林希爲中書舍人。章惇嘗言：「元祐初，司馬光作相，用蘇軾掌制，所以能鼓動四方，安得斯人而用之。」或曰：「林希可。」會希赴成都，過闕，惇欲使典書誥，逞毒於元祐諸臣，且許以爲執政。希久不得志，請甘心焉。凡元祐名臣貶黜之制，皆希爲之，極其醜詆，至以「老奸擅國。」之語陰斥宣仁，讀者無不憤嘆。一日，草制罷，擲筆於地曰：「壞名節矣。」
丁卯，章惇請復行免役法。差、僱兩法，置司講議，久而不決。蔡京謂惇曰：「取熙寧成法施行之耳，何以講爲。」惇然之，僱役遂定。初，司馬光盡革熙、豐之政，而罷僱役復差役獨於人情未協。至是，京、惇相倚，遂執以爲詞，復行免役法，識者愈見其奸。
戊辰，以蔡卞爲國史修撰。元祐中，史官範祖禹等修神宗實錄，盡書王安石之過以明先帝之聖。蔡卞，安石壻也，上疏言：「先帝盛德大業，卓然出千古之上，而實錄所紀，類疑似不根。乞重行刊定。」詔從之。卞遂從安石從子防所求安石舊作日錄，盡改正史。
閏月壬申，復以陸師閔等爲諸提舉常平官。
五月，以黃履爲御史中丞。元豐末，履爲中丞，與蔡確、章惇、邢恕相交結，每惇、確有所嫌惡，則使恕道風旨於履，履即排擊之，時謂之「四凶」，爲劉安世所論而出。至是，惇復引用，俾報復仇怨，元祐舊臣無一得免者矣。
秋七月丁巳，追奪司馬光、呂公著等贈諡，貶呂大防、劉摯、蘇轍、樑燾等官，詔諭天下。時臺諫黃履、周秩、張商英、上官均、來之邵、翟思、劉拯、井亮採等交章論司馬光等變更先朝之法，畔道逆理，章惇、蔡卞請發光、公著冢，斫棺暴屍。帝問許將，將對曰：「此非盛德事也。」帝乃止。於是追奪光、公著贈諡，僕所立碑，奪王巖叟贈官，貶大防爲祕書監，摯爲光祿卿，轍爲少府監，並分司南京。初，李清臣冀爲相，首倡紹述之說，以計去蘇轍、範純仁，亟復青苗、免役法。及章惇至，心甚不悅，復與爲異。惇既貶司馬光等，又籍文彥博以下三十人，將悉竄嶺表。清臣進曰：「更先帝法度，不能無過，然皆累朝元老，若從惇言，必大駭物聽。」帝乃下詔曰：「大臣朋黨，司馬光以下各以輕重議罰，其佈告天下。」初，朋黨論起，帝曰：「樑燾每起中正之論，其開陳排擊，盡出公議，朕皆記之。」又曰：「蘇頌知君臣之義，無輕議也。」由是頌獲免，而燾止謫提舉舒州靈仙觀。摯語諸子曰：「上用章惇，吾且得罪。若惇顧國事，不遷怒百姓，但謫吾曹，死無所恨。正慮意在報復，奈天下何。」
八月，罷廣惠倉，復免行錢。
冬十月，以呂惠卿知大名府。監察御史常安民言：「北都重鎮而除惠卿。惠卿賦性深險，背王安石者，其事君可知。今將過闕，必言先帝而泣，感動陛下，希望留京矣。」帝納之。及惠卿至京，請對，見帝，果言先帝事而泣。帝正色不答，計卒不施而去。時論快之。
十一月壬子，特追復蔡確觀文殿大學士。
十二月，蔡卞進重修神宗實錄，於是範祖禹及趙彥若、黃庭堅等坐詆誣降官，安置永、澧黔州，遷卞爲翰林學士。初，禮部侍郎陸佃預修實錄，數與祖禹等爭辨，大要言王安石多有是處，庭堅曰：「如公言，蓋佞史也。」佃曰：「盡用君意，豈非謗書乎？」至是佃亦落職。言者又以呂大防監修神宗實錄，徙安州居住。
二年冬十月，貶監察御史常安民。時，蔡京深結中官裴彥臣，安民因論之，謂「京奸足以惑衆，辨足以飾非，巧足以移奪人主之視聽，力足以顛倒天下之是非，內結中官，外連朝士，一不附己，則誣以黨於元祐非先帝法，必擠之而後已。今在朝之臣，京黨過半，陛下不可不早覺悟而逐之，他日羽翼成就，悔無及矣。」是時京之奸尚隱，人多未測，獨安民首發之。又言：「今大臣爲紹述之說，皆藉此名以報復私怨。朋附之流遂從而和之。張商英在元祐時，上呂公著詩求進，諛佞無恥，近乃乞毀司馬光、呂公著神道碑。周秩爲博士，親定光諡爲文正，近乃乞斫棺鞭屍。陛下察此輩之言，果出於公論乎？」章疏前後至數十百上，度終不能回，遂乞外，帝慰勉而已。至是，復論章惇顓國植黨，乞收主柄而抑其權，反覆曲折，言之不置。惇遣所親信語之曰：「君本以文學聞於時，奈何以言語自任，與人爲怨。少安靜，當以左右相處。」安民正色斥之曰：「爾乃爲時相遊說耶？」惇益怒。安民又言曾布之奸，於是惇、布比而排之，取所貽呂公著書白帝，以爲比帝於漢靈。帝怒，安民不辨，賴安燾救，得免。至是，御史董敦逸論安民黨於蘇軾兄弟，遂出爲滁州監酒稅。
十一月，安燾罷。時，章惇用白帖貶謫元祐臣僚，燾言於帝，帝疑之。鄭雍謂惇曰：「王安石作相，嘗用白帖行事。」惇大喜，取其案牘懷之以白帝，燾言不行。惇怨燾，言燾與常安民表裏，出知鄭州。
時呂大防等竄居遠州，會明堂赦，章惇豫言此數十人當終身勿徙。範純仁聞之憂憤，欲齋戒上疏申理之。所親勸其勿觸怒，萬一遠斥，非高年所宜。純仁曰：「事至於此，無一人敢言，若上心遂回，所繫大矣。如其不然，死亦何憾。」因上言：「大防等所犯，亦因持心失恕，好惡任情，違老氏好還之戒，忽孟軻反爾之言。然牛、李之黨禍數十年，淪胥不解，豈可尚遵前軌。即今大防等年老疾病，不習水土，炎荒非久處之地，又憂虞不測，何以自存。臣曾與大防等共事，多被排斥，陛下之所親見，臣之激切，止是仰報聖德。向來章惇、呂惠卿雖爲貶謫，不出里居。今趙彥若已死貶所。願陛下斷自淵衷，將大防等原放。」疏奏，章惇大怒，遂落觀文殿大學士，徙知隨州。
四年春正月，李清臣罷，知河南府。
史臣曰：哲宗親政之初，見慮未定，範、呂諸賢在廷，左右弼謨，俾日邇忠讜，疏絕回遹，以端其志向，元祐之治業，庶可守也。而清臣怙才躁進，陰覬柄用，首發紹述之說，以亂國是。羣奸嗣之，衡決莫障，遂重爲縉紳之禍。
二月己未，追貶司馬光、呂公著等官。三省言：「司馬光等倡爲奸謀，詆譭先帝，變易法度，罪惡至深。當時兇黨，雖已死及告老，亦宜薄示懲責。」遂追貶司馬光爲清遠軍節度副使，呂公著爲建武軍節度副使，王巖叟爲雷州別駕，奪趙瞻、傅堯俞贈諡，追韓維到任及孫固、範百祿胡宗愈等遺表恩。未幾，復追貶光朱崖軍司戶，公著昌化軍司戶。
癸未，流呂大防、劉摯、蘇轍、樑燾、範純仁於嶺南，貶韓維等三十人官。大防之徙安州也，其兄大忠自涇原入朝，帝訪大防安否，且曰：「執政欲遷諸嶺南，朕獨令處安陸。爲朕寄聲問之。大防樸直，爲人所賣，二三年可復見也。」大忠泄其語於章惇，惇繩之益力。會侍御史來之邵言：「司馬光畔道逆理，典刑未正，鬼得而誅。獨劉摯尚存，實天以遺陛下。」於是三省言：「呂大防等爲臣不忠，罪與司馬光等不異。頃朝廷雖嘗懲責，而罰不稱愆，生死異罪，無以垂示萬世。」遂貶大防舒州，摯鼎州團練副使，轍化州，燾雷州別駕，純仁武安軍節度副使，安置於循、新、雷、化、永五州。劉奉世光祿少卿，郴州居住，尋安置柳州。韓維落職致仕，再謫均州安置。王覿、韓川、孫升、呂陶、範純禮、趙君錫、馬默、顧臨、範純粹、孔武仲、王欽臣、呂希哲、呂希純、呂希績、姚勔、吳安詩、秦觀十七人，通、隨、峽、衡、蔡、亳、單、饒、均、池、信、和、金、光、衢、連、橫等諸州居住。王攽落職致仕。孔平仲落職知衡州。張耒、晁補之、賈易並監當官。朱光庭、孫覺、趙卨、李之純、杜純、李周並追奪官秩。復追貶孔文仲李周爲別駕。中書舍人葉濤當制，文極醜詆，聞者切齒。先是，左司諫張商英上言：「願陛下無忘元祐時，章惇無忘汝州時，安燾無忘許昌時，李清臣、曾布無忘河陽時」，以激怒之。由此諸賢皆不免。
純仁時因疾失明，聞命，怡然就道。或謂近名，純仁曰：「七十之年，兩目俱喪，萬里之行，豈其欲哉。但區區之愛君，有懷不盡，若避好名之嫌，則無爲善之路矣。」時韓維謫均州，其子訴維執政日與司馬光不合，得免行。純仁之子欲以純仁與光議役法不同爲請，冀得免行，純仁曰：「吾用君實薦以致宰相，昔同朝論事不合，則可。汝輩以爲今日之言，則不可也。有愧心而生，不若無愧心而死。」其子乃止。每戒子弟不可小有不平，聞諸子怨章惇，必怒止之。及在道，舟覆於江，純仁衣盡溼，顧諸子曰：「此豈章惇爲之哉。」
甲申，貶太師致仕文彥博爲太子少保。先是，左司諫張商英嘗言彥博背國負恩，朋附司馬光，故貶。
閏月甲辰，蘇軾謫授瓊州別駕，移昌化軍安置，範祖禹移賓州安置，劉安世移高州安置。
三月，章惇議遣呂升卿、董必察訪嶺南，將盡殺流人。帝曰：「朕遵祖宗遺志，未嘗殺戮大臣，其釋勿治。」惇志不快，於是中書舍人蹇序辰上疏言：「朝廷前日正司馬光等奸惡，明其罪罰，以告中外。唯變亂典刑，改廢法度，訕讟宗廟，睥睨兩宮，觀事考言，實狀章著。其章疏案牘散在有司，若不匯緝而藏之，歲久必致淪棄。願悉討奸臣所言所行，選官編類，人爲一帙，置之二府，以示天下後世之大戒。」章惇、蔡卞請即命序辰及直學士院徐鐸編類。凡司馬光等一時施行文書，攟拾附着，悉不遺，凡一百四十三帙，上之。由是縉紳之士無得脫禍者矣。鄒浩言：「初旨但分兩等，謂語及先帝並語言過差而已。而今所施行，混然莫辨，以其近似難分之跡，而典刑輕重隨以上下，是乃陛下之威福操柄下移於近臣。願加省察，以爲來事之監。」卞黨薛昂、林自又乞毀司馬光資治通鑑板，太學博士陳瓘因策士引神宗所制序文以問，昂、自議沮。
四月己亥，呂大防將赴舒州，卒於虔州之信豐。大防爲相，用人各盡其能，不事邊幅，而天下臻於富庶，竟以貶死，天下惜之。上聞之曰：「大防何以至虔州。」及請歸葬，即許之。一時議者謂痛貶元祐黨人皆非上意也。
十一月癸酉，貶劉奉世於柳州安置，程頤於涪州編管。頤時放歸田裏，帝一日與輔臣語及元祐政事，曰：「程頤妄自尊大，在經筵多不遜。」於是言者論頤與司馬光同惡相濟，遂削籍竄涪州。頤在涪與門人講學不輟，周易傳亦在涪所著也。
復立市易務。元符元年六月戊寅朔，改元。甲午，蔡京等上常平、免役法。
秋七月，再竄範祖禹於化州，安置劉安世於梅州。初，章惇怨範祖禹、劉安世尤深，必欲置諸死地，至是，諷蔡京並陷二人以罪。安世至貶所，惇陰令殺陳衍使者過梅，脅安世自裁，使者不忍而止。惇又擢土豪爲轉運判官，使殺之。判官承意疾馳且至，家人號泣不食，安世飲食起居如平時。至夜半，其人忽嘔血而死，安世獲免。祖禹尋卒。祖禹在經筵勸講論諫常數十萬言，開陳治道，辨釋事宜，平易明白，洞見底蘊，雖賈誼、陸贄不能過也。
二年八月癸酉，章惇等進新修敕令式。惇讀於帝前，間有元豐所無而用元祐敕令修立者，帝曰：「元祐亦有可取者乎？」惇等對曰：「取其善者。」
九月癸卯，命御史點檢三省、樞密院，並依元豐舊制。
閏月，置看詳訴理局。安惇言：「陛下未親政時，奸臣置訴理所，凡得罪熙、豐之間者，鹹爲除雪，歸怨先朝，收恩私室。乞取公案看詳從初加罪之意，復依元斷施行。」蔡卞勸章惇置局，命中書舍人蹇序辰及安惇看詳。由是重得罪者八百三十家，士大夫或千里會逮，天下怨疾，有「二蔡、二惇。」之謠。