哲宗元祐元年三月辛巳，以程頤爲崇政殿說書。頤在治平、元豐間，大臣屢薦，皆不起。至是，司馬光、呂公著共疏其行義曰：「伏見河南處士程頤，力學好古，安貧守節，言必忠信，動遵禮度，年逾五十，不求仕進，真儒者之高蹈，聖世之逸民。望擢以不次，使士類有所矜式。」詔以爲西京國子監教授。力辭，尋召爲祕書省校書郎。及入對，改崇政殿說書。頤即上疏言：「習與智長，化與心成。今夫民善教其子弟者，亦必延名德之士，使與之處，以薰陶成性。況陛下春秋方富，雖睿聖得於天資，而輔養之道不可不至。大率一日之中，接賢士大夫之時多，親宦官、宮妾之時少，則氣質變化，自然而成。願選名儒入侍勸講，講罷，留之分直，以備訪問。或有小失，隨時獻規。歲月積久，必能養成聖德。」頤每進講，色甚莊，繼以諷諫。聞帝在宮中盥而避蟻，問「有是乎？」帝曰：「然，誠恐傷之耳。」頤曰：「推此心以及四海，帝王之要道也。」帝嘗憑檻偶折柳枝，頤正色曰：「方春時和，萬物發生，不當輕有所折，以傷天地之和。」帝頷之。
九月丁卯，以蘇軾爲翰林院學士。軾自登州召還，十月之間，三陟華要，尋兼侍讀。每經筵進讀，至治亂興衰、邪正得失之際，未嘗不反覆開道，覬有所啓悟。常鎖宿禁中，召見便殿，太后問曰：「卿前年爲何官。」對曰：「常州團練副使。」曰：「今爲何官。」對曰：「待罪翰林學士。」曰：「何以遽至此。」對曰：「遭遇太皇太后、皇帝陛下。」曰：「非也。」對曰：「豈大臣論薦乎？」曰：「亦非也。」軾驚曰：「臣雖無狀，不敢自他途進。」曰：「此先帝意也。先帝每誦卿文章，必嘆曰：奇才，奇才。但未及進用卿耳。」軾不覺哭失聲，太后與帝亦泣，左右皆感涕。已而命坐賜茶，撤御前金蓮燭送歸院。軾在翰林，頗以言語文章規切時政，畢仲遊以書戒之，軾不能從。
二年三月，程頤請就崇政、延和殿講讀，上疏曰：「臣近言邇英漸熱，只乞就崇政、延和殿。聞給事中顧臨以延和講讀爲不可，臣料臨之意，不過謂講官不可坐於殿上，以尊君爲說爾。臣不暇遠引，只以本朝故事言之，太祖召王昭素講易，真宗令崔頤正講尚書，邢昺講春秋，皆在殿上，當時仍是坐講。立講之儀只始於明肅太后之意。此又祖宗尊儒重道之美盛，豈獨子孫所當爲，亦萬世帝王所當法也。今世俗之人，能爲尊君之言，而不知尊君之道。人君惟道德益高則益尊，若勢位則崇高極矣，尊嚴至矣，不可復加也。」又曰：「天下重位惟宰相與經筵，天下治亂系宰相，君德成就責經筵。」
八月辛巳，罷崇政殿說書程頤。頤在經筵，多用古禮，蘇軾謂其不近人情，深嫉之，每加玩侮。方司馬光之卒也，百官方有慶禮，事畢欲往吊，頤不可，曰：「子於是日哭則不歌。」或曰：「不言歌則不哭。」軾曰：「此枉死市叔孫通制此禮也。」二人遂成嫌隙。軾嘗發策試館職，有曰：「今朝廷欲師仁宗之忠厚，懼百官有司不舉其職而或至於媮。欲法神宗之勵精，恐監司守令不識其意而流入於刻。」於是頤門人右司諫賈易、左正言朱光庭等劾軾策問謗訕，軾因乞補郡。殿中侍御史呂陶言：「臺諫當徇至公，不可假借事權以報私隙。」右司諫王覿言：「軾命辭不過失輕重之體，若悉考同異，深究嫌疑，則兩岐遂分，黨論滋熾。夫學士命詞失指，其事尚小，使士大夫有朋黨之名，大患也。」太后然之，臨朝，宣諭曰：「嘗覽軾文意，是指今日百官、有司、監司、守令言之，非是譏諷祖宗。」範純仁亦言軾無罪，遂置不問。會帝患瘡疼不出，頤詣宰臣呂公著問「上不御殿，知否。」且曰：「二聖臨朝，上不御殿，太后不當獨坐。且人主有疾而大臣不知，可乎？」明日，宰臣以頤言問疾，由是大臣亦多不悅。於是御史中丞胡宗愈、給事中顧臨連章力詆頤不宜在經筵。諫議大夫孔文仲因奏「頤污下憸巧，素無鄉行，經筵陳說，僭橫忘分，遍謁貴臣，歷造臺諫，騰口間亂，以償恩讎，致市井目爲五鬼之魁。請放還田裏，以示典刑。」乃罷頤出管勾西京國子監。
時，呂公著獨當國，羣賢鹹在朝，不能不以類相從，遂有洛黨、蜀黨、朔黨之語。洛黨以頤爲首，而朱光庭、賈易爲輔。蜀黨以蘇軾爲首，而呂陶等爲輔。朔黨以劉摯、樑燾、王巖叟、劉安世爲首，而輔之者尤衆。是時熙、豐用事之臣退休散地，怨入骨髓，陰伺間隙。諸賢不悟，各爲黨比，以相訾議。惟呂大防秦人，戇直無黨。範祖禹師司馬光，不立黨。既而帝聞之，以問胡宗愈，宗愈對曰：「君子指小人爲奸，則小人指君子爲黨。陛下能擇中立之士而用之，則黨禍熄矣。」因具君子無黨論以進。
冬十月，貶右司諫賈易。時程頤、蘇軾交惡，其黨互相攻訐。易因劾呂陶黨軾兄弟，語侵文彥博、範純仁。太后怒，欲峻責易。呂公著言：「易言亦直，惟詆大臣太甚耳。」乃罷知懷州。公著退語同列曰：「諫官所言，未論得失。顧主上春秋方盛，慮異時有導諛惑上心者，正賴左右爭臣，不可豫使人主輕厭言者。」衆皆歎服。
三年三月，孔文仲卒。呂公著曰：「文仲本以抗直稱，然憃不曉事。爲諫議時，乃爲浮薄輩所使，以害善良，晚乃知爲所紿，憤鬱嘔血，以致不起。」公著之言，蓋指其劾程頤也。
以胡宗愈爲尚書右丞。諫議大夫王覿以宗愈進君子無黨論，惡之，因疏宗愈不可執政。太后大怒。純仁與文彥博、呂公著辨於簾前，太后意未解。純仁曰：「朝臣本無黨，但善惡邪正各以類分。彥博、公著皆累朝舊人，豈容雷同罔上。昔先臣與韓琦、富弼在慶曆時，同爲執政，各舉所知，當時飛語，指爲朋黨，三人相繼補。外造謗者公相慶曰：一網打盡矣。此事未遠，願陛下戒之。」因極言前世朋黨之禍，並錄歐陽修朋黨論上之。然竟出覿知潤州，而宗愈居位如故。
五年春正月，程頤以父憂守制去。臺諫復論賈易諂事頤，再貶易知廣德軍。
六年二月，以蘇轍爲尚書右丞。轍除命既下，右司諫楊康國奏曰：「轍之兄弟，謂其無文學則非也，蹈道則未也。其學乃學爲儀、秦者也，其文率務馳騁，好作爲縱橫捭闔，無安靜理。陛下若悅蘇轍文學而用之不疑，是又用一王安石也。轍以文學自負而剛狠好勝，則與安石無異。」不報。
六月，翰林院學士承旨蘇軾罷。軾自杭州召還，未幾，侍御史賈易復劾軾元豐末在揚州，聞先帝厭代作詩，及草呂惠卿制，皆「誹怨先帝，無人臣禮」。御史中丞趙君錫亦繼言之。太后怒，罷易知宣州，君錫知鄭州。呂大防請並軾兩罷，乃出軾知潁州，尋改知揚州。
七年三月，程頤服闋，三省擬除館職，判檢院蘇轍進曰：「頤入朝，恐不肯靜。」太后納之。範祖禹言：「頤經術行義，天下共知，司馬光、呂公著豈欺罔者耶。但草茅之人，未習朝廷事體則有之，寧有他故，如言者所指哉。乞召勸講，必有補於聖明。」除頤直祕閣，判西監，頤再上表辭。御史董敦逸摭其有怨望語，改授管勾崇福宮。
九月，召蘇軾爲兵部尚書兼侍讀。軾自揚州召爲兵部尚書兼侍讀，尋又遷禮部，兼端明、侍讀二學士。御史董敦逸、黃慶基言：「軾爲中書舍人時，草呂惠卿制詞，指斥先帝。其弟轍相爲表裏，以紊朝政。」呂大防奏曰：「先帝欲富強中國，鞭撻西夷，而一時羣臣將順太過，故事或失當。太皇太后與皇帝臨御，因民所欲，隨事救改，蓋理之當然。比來言官用此以中傷士人，兼欲搖動朝廷，意極不善。」轍亦爲其兄辯「所撰惠卿謫詞，其言及先帝者，有曰：始以帝堯之仁，姑試伯鯀，終焉孔子之聖，不信宰予。初非謗誹先帝。」太后曰：「先帝追悔往事，至於泣下。」大防曰：「先帝一時過舉，非其本意。」太后曰：「此事官家宜深知。」於是罷敦逸、慶基爲湖北、福建路轉運判官。