神宗元豐三年六月丙午，詔中書詔定官制。國初承唐制，三省無專職，臺、省、寺、監亦無定員，類以他員主判。三省長官不預朝政，六曹不釐本務，給舍不領本職，諫議無言責，起居不記注，司諫正言，非特旨供職，亦不任諫諍。其官人授受之別，有官、有職、有差遣。凡仕者以登臺閣、升禁從爲顯宦，而不以官之遲速爲榮滯。以差遣要劇爲貴途，而不以階勳爵邑有無爲輕重。議者多以正名爲請，帝慨然欲更其制，乃置詳定官制局於中書，命翰林學士張璪、樞密副承旨張誠一領之。
九月乙亥，正官名，以開府儀同三司易中書令、侍中、同平章事，特進易左、右僕射。自是以下，易名有差。
詳定官制所上寄祿格，下詔行之。凡領空名者，一切罷去而易之以階，因以寄祿。議者又欲罷樞密院歸兵部，帝曰：「祖宗不以兵柄歸有司，故專命官以統之，互相維制，何可廢也。」遂止。帝嘗謂執政曰：「官制將行，欲新舊人兩用。」指御史大夫曰：「非司馬光不可。」王珪、蔡確相顧失色。珪憂甚，不知所出，確曰：「上久欲收靈武，公能任責則相位可保也。」珪喜謝之，因薦俞充帥慶，使上平西夏策。其意以爲既用兵深入，必不召光。雖召，將不至。已而光果不召。
四年秋七月己酉，詔定選格。初，太祖設官分職，多襲五代之制，稍損益之。凡入仕，有貢舉、奏陰、攝署、流外、從軍五等。吏部銓惟注擬州縣官幕職，兩京諸司六品以下官皆無選。文臣少卿、監以上，中書主之，京朝官則審官院主之。武臣、刺史、副率以上，內職樞密院主之，使臣則三班院主之。其後典選之職分爲四：文選曰審官東院，曰流內銓。武選曰審官西院，曰三班院。帝自即位，欲更制度，建議之臣以爲唐銓與今選殊異，雜用其制則有留礙煩紊之弊，乃詔內外官司舉官悉罷，令大理卿崔臺符同尚書吏部、審官東、西、三班院議選格。遂定銓注之法悉歸選部，以審官東院爲尚書左選，流內銓爲侍郎左選，審官西院爲尚書右選，三班院爲侍郎右選。於是吏部有四選之法：文臣寄祿官自朝議大夫，職事官自大理正以下，非中書省敕授者，歸尚書左選。武臣升朝官自皇城使，職事官自金吾、階衛、仗司以下，非樞密院宣受者，歸尚書右選。自初仕至州縣幕職官，歸侍郎左選。自借差、監當至供奉官、軍使，歸侍郎右選。凡應注擬升移，敘復陰補，封贈酧賞，隨所分隸，校勘合格，團甲以上尚書省。若中散大夫、閣門使以上，則列選敘之狀，上中書省。樞密院得畫旨，給告身。祖宗以來，中書有堂選，百司郡縣有奏舉，雖小大殊科，然皆不隸於有司。王安石言於帝曰：「中書總庶務，今通判亦該堂除選，徒留滯，不能精擇，宜歸諸有司。」帝曰：「唐陸贄謂宰相當擇百官之長，而百官之長擇百官。今之審官，苟得其人，安有不能擇百官者哉。欲罷堂選，曾公亮執不可而止。至是，既罷內外長吏舉官法，堂除亦廢。
五年二月癸丑，頒三省、樞密、六曹條制。
四月癸酉，以王珪爲左僕射兼門下侍郎，蔡確爲尚書右僕射兼中書侍郎，章惇爲門下侍郎，張璪爲中書侍郎，蒲宗孟爲尚書左丞，王安禮爲尚書右丞。初議官制，蓋仿唐六典，事無大小，並中書取旨，門下審覆，尚書受而行之，三省分班奏事，並歸中書。確說珪曰：「公久在相位，必得中書令。」珪信不疑。確乃言於帝曰：「三省長官位高，不須置令，但令左、右僕射分兼兩省侍郎足矣。」帝以爲然。故確名爲次相，實專大政，珪以左僕射兼門下，雖爲首相，拱手而已。