桓玄字敬道，一名靈寶，大司馬溫之孽子也。其母馬氏嘗與同輩夜坐，於月下見流星墜銅盆水中，忽如二寸火珠，冏然明淨，競以瓢接取，馬氏得而吞之，若有感，遂有娠。及生玄，有光照室，占者奇之，故小名靈寶。妳媼每抱詣溫，輒易人而後至，云其重兼常兒，溫甚愛異之。臨終，命以爲嗣，襲爵南郡公。
年七歲，溫服終，府州文武辭其叔父沖，沖撫玄頭曰：「此汝家之故吏也。」玄因涕淚覆面，眾並異之。及長，形貌瑰奇，風神疏朗，博綜藝術，善屬文。常負其才地，以雄豪自處，眾咸憚之，朝廷亦疑而未用。年二十三，始拜太子洗馬，時議謂溫有不臣之跡，故折玄兄弟而爲素官。
太元末，出補義興太守，鬱鬱不得志。嘗登高望震澤，歎曰：「父爲九州伯，兒爲五湖長！」棄官歸國。自以元勳之門而負謗於世，乃上疏曰：
臣聞周公大聖而四國流言，樂毅王佐而被謗騎劫，巷伯有豺獸之慨，蘇公興飄風之刺，惡直醜正，何代無之！先臣蒙國殊遇，姻婭皇極，常欲以身報德，投袂乘機，西平巴蜀，北清伊洛，使竊號之寇繫頸北闕，園陵修復，大恥載雪，飲馬灞滻，懸旌趙魏，勤王之師，功非一捷。太和之末，皇基有潛移之懼，遂乃奉順天人，翼登聖朝，明離既朗，四凶兼澄。向使此功不建，此事不成，宗廟之事豈可孰念！昔太甲雖迷，商祚無憂；昌邑雖昏，弊無三孽。因茲而言，晉室之機危於殷漢，先臣之功高於伊霍矣。而負重既往，蒙謗清時，聖世明王黜陟之道，不聞廢忽顯明之功，探射冥冥之心，啟嫌謗之塗，開邪枉之路者也。先臣勤王艱難之勞，匡復克平之勳，朝廷若其遺之，臣亦不復計也。至於先帝龍飛九五，陛下之所以繼明南面，請問談者，誰之由邪？誰之德邪？豈惟晉室永安，祖宗血食，於陛下一門，實奇功也。
自頃權門日盛，醜政實繁，咸稱述時旨，互相扇附，以臣之兄弟皆晉之罪人，臣等復何理可以苟存聖世？何顏可以尸饗封祿？若陛下忘先臣大造之功，信貝錦萋菲之說，臣等自當奉還三封，受戮市朝，然後下從先臣，歸先帝於玄宮耳。若陛下述遵先旨，追錄舊勳，竊望少垂愷悌覆蓋之恩。
玄在荊楚積年，優游無事，荊州刺史殷仲堪甚敬憚之。及中書令王國寶用事，謀削弱方鎮，內外騷動，知王恭有憂國之言，玄潛有意於功業，乃說仲堪曰：「國寶與君諸人素已爲對，唯患相弊之不速耳。今既執權要，與王緒相爲表裏，其所迴易，罔不如志。孝伯居元舅之地，正情爲朝野所重，必未便動之，唯當以君爲事首。君爲先帝所拔，超居方任，人情未以爲允，咸謂君雖有思致，非方伯人。若發詔徵君爲中書令，用殷顗爲荊州，殷顗「顗」，各本作「覬」，今據本傳改。君何以處之？」仲堪曰：「憂之久矣，君謂計將安出？」玄曰：「國寶姦兇，天下所知，孝伯疾惡之情每至而當，今日之會，以理推之，必當過人。君若密遣一人，信說王恭，宜興晉陽之師，以內匡朝廷，己當悉荊楚之眾順流而下，推王爲盟主，僕等亦皆投袂，當此無不響應。此事既行，桓文之舉也。」仲堪持疑未決。俄而王恭信至，招仲堪及玄匡正朝廷。國寶既死，於是兵罷。玄乃求爲廣州，會稽王道子亦憚之，不欲使在荊楚，故順其意。
隆安初，詔以玄督交廣二州、建威將軍、平越中郎將、廣州刺史、假節，玄受命不行。其年，王恭又與庾楷起兵討江州刺史王愉及譙王尚之兄弟。玄、仲堪謂恭事必克捷，一時響應。仲堪給玄五千人，與楊佺期俱爲前鋒。軍至湓口，王愉奔於臨川，玄遣偏將軍追獲之。玄、佺期至石頭，仲堪至蕪湖。恭將劉牢之背恭歸順。恭既死，庾楷戰敗，奔於玄軍。既而詔以玄爲江州，仲堪等皆被換易，乃各迴舟西還，屯於尋陽，共相結約，推玄爲盟主。玄始得志，乃連名上疏申理王恭，求誅尚之、牢之等。朝廷深憚之，乃免桓脩、復仲堪以相和解。
初，玄在荊州豪縱，士庶憚之，甚於州牧。仲堪親黨勸殺之，仲堪不聽。及還尋陽，資其聲地，故推爲盟主，玄逾自矜重。佺期爲人驕悍，常自謂承藉華冑，江表莫比，而玄每以寒士裁之，佺期甚憾，即欲於壇所襲玄。仲堪惡佺期兄弟虓勇，恐克玄之後復爲己害，苦禁之。於是各奉詔還鎮。玄亦知佺期有異謀，潛有吞并之計，於是屯於夏口。
隆安中，詔加玄都督荊州四郡，以兄偉爲輔國將軍、南蠻校尉。仲堪慮玄跋扈，遂與佺期結婚爲援。初，玄既與仲堪、佺期有隙，恒慮掩襲，求廣其所統。朝廷亦欲成其釁隙，故分佺期所督四郡與玄，佺期甚忿懼。會姚興侵洛陽，佺期乃建牙，聲云援洛，密欲與仲堪共襲玄。仲堪雖外結佺期而疑其心，距而不許，猶慮弗能禁，復遣從弟遹屯於北境以遏佺期。佺期既不能獨舉，且不測仲堪本意，遂息甲。南蠻校尉楊廣，佺期之兄也，欲距桓偉，仲堪不聽，乃出廣爲宜都、建平二郡太守，加征虜將軍。佺期弟孜敬先爲江夏相，玄以兵襲而召之。既至，以爲諮議參軍。玄於是興軍西征，亦聲云救洛，與仲堪書，說佺期受國恩而棄山陵，宜共罪之。今親率戎旅，逕造金墉，使仲堪收楊廣，如其不爾，無以相信。仲堪本計欲兩全之，既得玄書，知不能禁，乃曰：「君自沔而行，不得一人入江也。」玄乃止。
後荊州大水，仲堪振恤飢者，倉廩空竭。玄乘其虛而伐之，先遣軍襲巴陵。梁州刺史郭銓當之所鎮，路經夏口，玄聲云朝廷遣銓爲己前鋒，朝廷遣銓爲己前鋒「銓」，各本作「佺期」。校文：殷仲堪傳，玄使郭銓等擊敗各軍於江西口。「佺」當爲「銓」之誤，又衍「期」字。按：丁說是。通鑑一一一正作「遣銓爲己先鋒」，今據改。乃授以江夏之眾，使督諸軍並進，密報兄偉令爲內應。偉遑遽不知所爲，乃自齎疏示仲堪。仲堪執偉爲質，令與玄書，辭甚苦至。玄曰：「仲堪爲人不能專決，常懷成敗之計，爲兒子作慮，我兄必無憂矣。」
玄既至巴陵，仲堪遣眾距之，爲玄所敗。玄進至楊口，又敗仲堪弟子道護，乘勝至零口，去江陵二十里，仲堪遣軍數道距之。佺期自襄陽來赴，與兄廣共擊玄，玄懼其銳，乃退軍馬頭。佺期等方復追玄苦戰，佺期敗，走還襄陽，仲堪出奔酇城，玄遣將軍馮該躡佺期，獲之。廣爲人所縛，送玄，並殺之。仲堪聞佺期死，乃將數百人奔姚興，至冠軍城，爲該所得，玄令害之。
於是遂平荊雍，乃表求領江、荊二州。詔以玄都督荊司雍秦梁益寧七州、後將軍、荊州刺史、假節，以桓脩爲江州刺史。玄上疏固爭江州，於是進督八州及楊豫八郡，復領江州刺史。玄又輒以偉爲冠軍將軍、雍州刺史。時寇賊未平，朝廷難違其意，許之。玄於是樹用腹心，兵馬日盛，屢上疏求討孫恩，詔輒不許。其後恩逼京都，玄建牙聚眾，外託勤王，實欲觀釁而進，復上疏請討之。會恩已走，玄又奉詔解嚴。以偉爲江州，鎮夏口；司馬刁暢爲輔國將軍，督八郡，鎮襄陽；遣桓振、皇甫敷、馮該等戍湓口。移沮漳蠻二千戶於江南，立武寧郡；更招集流人，立綏安郡。又置諸郡丞。詔徵廣州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。自謂三分有二，知勢運所歸，屢上禎祥以爲己瑞。
初，庾楷既奔於玄，玄之求討孫恩也，以爲右將軍。玄既解嚴，楷亦去職。楷以玄方與朝廷構怨，恐事不克，禍及於己，乃密結於後將軍元顯，許爲內應。元興初，元顯稱詔伐玄，玄從兄石生時爲太傅長史，密書報玄。玄本謂揚土饑饉，孫恩未滅，必未遑討己，可得蓄力養眾，觀釁而動。既聞元顯將伐之，甚懼，欲保江陵。長史卞範之說玄曰：「公英略威名振於天下，元顯口尚乳臭，劉牢之大失物情，若兵臨近畿，示以威賞，則土崩之勢可翹足而待，何有延敵入境自取蹙弱者乎！」玄大悅，乃留其兄偉守江陵，抗表率眾，下至尋陽，移檄京邑，罪狀元顯。檄至，元顯大懼，下船而不克發。玄既失人情，而興師犯順，慮眾不爲用，恒有迴旆之計。既過尋陽，不見王師，意甚悅，其將吏亦振。庾楷謀泄，收縶之。至姑孰，使其將馮該、苻宏、皇甫敷、索元等先攻譙王尚之，尚之敗。劉牢之遣子敬宣詣玄降。
玄至新亭，元顯自潰。玄入京師，矯詔曰：「義旗雲集，罪在元顯。太傅已別有教，其解嚴息甲，以副義心。」又矯詔加己總百揆，侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，領徐州刺史，又加假黃鉞、羽葆鼓吹、班劍二十人，置左右長史、司馬、從事中郎四人，甲仗二百人上殿。玄表列太傅道子及元顯之惡，徙道子於安成郡，安成郡各本作「安城郡」，今從宋本作「安成郡」，與地理志下、通鑑一一二、通志一三０合。害元顯於市。於是玄入居太傅府，害太傅中郎毛泰、泰弟游擊將軍邃、太傅參軍荀遜、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、譙王尚之等，流尚之弟丹楊尹恢之、廣晉伯允之、驃騎長史王誕、太傅主簿毛遁等於交廣諸郡，尋追害恢之、允之於道。以兄偉爲安西將軍、荊州刺史，領南蠻校尉，從兄謙爲左僕射、加中軍將軍、領選，脩爲右將軍、徐兗二州刺史，石生爲前將軍、江州刺史，長史卞範之爲建武將軍、丹楊尹，王謐爲中書令、領軍將軍。大赦，改元爲大亨。玄讓丞相，自署太尉、領平西將軍、豫州刺史。又加袞冕之服，綠綟綬，增班劍爲六十人，劍履上殿，入朝不趨，讚奏不名。
玄將出居姑孰，訪之於眾，王謐對曰：「公羊有言，周公何以不之魯？欲天下一乎周也。願靜根本，以公旦爲心。」玄善其對而不能從。遂大築城府，臺館山池莫不壯麗，乃出鎮焉。既至姑孰，固辭錄尚書事，詔許之，而大政皆諮焉，小事則決於桓謙、卞範之。
自禍難屢構，干戈不戢，百姓厭之，思歸一統。及玄初至也，黜凡佞，擢俊賢，君子之道粗備，京師欣然。後乃陵侮朝廷，幽擯宰輔，豪奢縱欲，眾務繁興，於是朝野失望，人不安業。時會稽饑荒，玄令賑貸之。百姓散在江湖採梠，內史王愉悉召之還。請米，米既不多，吏不時給，頓仆道路死者十八九焉。玄又害吳興太守高素、輔國將軍竺謙之、謙之從兄高平相朗之、輔國將軍劉襲、襲弟彭城內史季武、冠軍將軍孫無終等，皆牢之之黨，北府舊將也。襲兄冀州刺史軌及寧朔將軍高雅之、牢之子敬宣並奔慕容德。玄諷朝廷以己平元顯功，封豫章公，食安成郡地方二百二十五里，邑七千五百戶；平仲堪、佺期功，封桂陽郡公，地方七十五里，邑二千五百戶；本封南郡如故。玄以豫章改封息昇，桂陽郡公賜兄子濬，賜兄子濬「濬」，各本均作「俊」。周校：「俊」當作「濬」。按：濬，偉之子，下文「以子濬襲爵」可證。世說人名譜亦作「濬」，因據改。降爲西道縣公。又發詔爲桓溫諱，有姓名同者一皆改之，贈其母馬氏豫章公太夫人。
元興二年，玄詐表請平姚興，又諷朝廷作詔，不許。玄本無資力，而好爲大言，既不克行，乃云奉詔故止。初欲飾裝，無他處分，先使作輕舸，載服玩及書畫等物。或諫之，玄曰：「書畫服玩既宜恒在左右，且兵凶戰危，脫有不意，當使輕而易運。」眾咸笑之。
是歲，玄兄偉卒，贈開府、驃騎將軍，以桓脩代之。從事中郎曹靖之說玄以桓脩兄弟職居內外，恐權傾天下，玄納之，乃以南郡相桓石康爲西中郎將、荊州刺史。偉服始以公除，玄便作樂。初奏，玄撫節慟哭，既而收淚盡歡。玄所親仗唯偉，偉既死，玄乃孤危。而不臣之跡已著，自知怨滿天下，欲速定篡逆，殷仲文、卞範之等又共催促之，於是先改授群司，解琅邪王司徒，遷太宰，加殊禮，以桓謙爲侍中、衛將軍、開府、錄尚書事，王謐散騎常侍、中書監，領司徒，桓胤中書令，加桓脩散騎常侍、撫軍大將軍。置學官，教授二品子弟數百人。又矯詔加其相國，總百揆，封南郡、南平、宜都、天門、零陵、營陽、桂陽、衡陽、義陽、建平十郡爲楚王，揚州牧，領平西將軍、豫州刺史如故，加九錫備物，楚國置丞相已下，一遵舊典。又諷天子御前殿而策授焉。玄屢僞讓，詔遣百僚敦勸，又云：「當親降鑾輿乃受命。」矯詔贈父溫爲楚王，南康公主爲楚王后。以平西長史劉瑾爲尚書，刁逵爲中領軍，王嘏爲太常，殷叔文爲左衛，殷叔文據殷仲文傳，「叔文」當爲「仲文」之誤。皇甫敷爲右衛，凡眾官合六十餘人，爲楚官屬。玄解平西、豫州，以平西文武配相國府。
新野人庾仄聞玄受九錫，乃起義兵，襲馮該於襄陽，走之。仄有眾七千，於城南設壇，祭祖宗七廟。南蠻參軍庾彬、安西參軍楊道護、江安令鄧襄子謀爲內應。仄本仲堪黨，桓偉既死，石康未至，故乘間而發，江陵震動。桓濟之子亮起兵於羅縣，自號平南將軍、湘州刺史，以討仄爲名。南蠻校尉羊僧壽與石康共攻襄陽，仄眾散，奔姚興，彬等皆遇害。長沙相陶延壽以亮乘亂起兵，遣收之。玄徙亮於衡陽，誅其同謀桓奧等。
玄僞上表求歸藩，又自作詔留之，遣使宣旨，玄又上表固請，又諷天子作手詔固留焉。玄好逞僞辭，塵穢簡牘，皆此類也。謂代謝之際宜有禎祥，乃密令所在上臨平湖開除清朗，使眾官集賀。矯詔曰：「靈瑞之事非所敢聞也，斯誠相國至德，故事爲之應。太平之化，於是乎始，六合同悅，情何可言！」又詐云江州甘露降王成基家竹上。玄以歷代咸有肥遁之士，而己世獨無，乃徵皇甫謐六世孫希之爲著作，并給其資用，皆令讓而不受，號曰高士，時人名爲「充隱」。議復肉刑，斷錢貨，迴復改異，造革紛紜，志無一定，條制森然，動害政理。性貪鄙，好奇異，尤愛寶物，珠玉不離於手。人士有法書好畫及佳園宅者，悉欲歸己，猶難逼奪之，皆蒱博而取。遣臣佐四出，掘果移竹，不遠數千里，百姓佳果美竹無復遺餘。信悅諂譽，逆忤讜言，或奪其所憎與其所愛。
十一月，玄矯制加其冕十有二旒，建天子旌旗，出警入蹕，乘金根車，駕六馬，備五時副車，置旄頭雲罕，樂儛八佾，設鍾虡宮縣，妃爲王后，世子爲太子，其女及孫爵命之號皆如舊制。玄乃多斥朝臣爲太宰僚佐，又矯詔使王謐兼太保，領司徒，奉皇帝璽禪位於己。又諷帝以禪位告廟，出居永安宮，移晉神主於琅邪廟。
初，玄恐帝不肯爲手詔，又慮璽不可得，逼臨川王寶請帝自爲手詔，因奪取璽。比臨軒，璽已久出，玄甚喜。百官到姑孰勸玄僭僞位，玄僞讓，朝臣固請，玄乃於城南七里立郊，登壇篡位，以玄牡告天，百僚陪列，而儀注不備，忘稱萬歲，又不易帝諱。榜爲文告天皇后帝云：「晉帝欽若景運，敬順明命，以命于玄。夫天工人代，帝王所以興，匪君莫治，惟德司其元，故承天理物，必由一統。並聖不可以二君，非賢不可以無主，故世換五帝，鼎遷三代。爰暨漢魏，咸歸勳烈。晉自中葉，仍世多故，海西之亂，皇祚殆移，九代廓寧之功，升明黜陟之勳，微禹之德，左衽將及。太元之末，君子道消，積釁基亂。鍾於隆安，禍延士庶，理絕人倫。玄雖身在草澤，見棄時班，義情理感，胡能無慨！投袂克清之勞，阿衡撥亂之績，皆仰憑先德遺愛之利，玄何功焉！屬當理運之會，猥集樂推之數，以寡昧之身踵下武之重，膺革泰之始，託王公之上，誠仰藉洪基，德漸有由。夕惕祗懷，罔知攸厝。君位不可以久虛，人神不可以乏饗，是用敢不奉以欽恭大禮，敬簡良辰，升壇受禪，告類上帝，以永綏眾望，式孚萬邦，惟明靈是饗。」乃下書曰：「夫三才相資，天人所以成功，理由一統，貞夫所以司契，帝王之興，其源深矣。自三五已降，世代參差，雖所由或殊，其歸一也。朕皇考宣武王聖德高邈，誕啟洪基，景命攸歸，理貫自昔。中間屯險，弗克負荷，仰瞻宏業，殆若綴旒。藉否終之運，遇時來之會，用獲除姦救溺，拯拔人倫。晉氏以多難荐臻，曆數唯既，典章唐虞之準，述遵漢魏之則，用集天祿於朕躬。惟德不敏，辭不獲命，稽若令典，遂升壇燎于南郊，受終于文祖。思覃斯慶，願與億兆聿茲更始。」於是大赦，改元永始，賜天下爵二級，孝悌力田人三級，鰥寡孤獨不能自存者穀人五斛。其賞賜之制，徒設空文，無其實也。初出僞詔，改年爲建始，右丞王悠之曰：「右丞王悠之斠注：魏書桓玄傳作「左丞王納之」。按：納之，臨之子。建始，趙王倫僞號也。」又改爲永始，復是王莽始執權之歲，其兆號不祥，冥符僭逆如此。又下書曰：「夫三恪作賓，有自來矣。爰暨漢魏，咸建疆宇。晉氏欽若曆數，禪位于朕躬，宜則是古訓，授茲茅土。以南康之平固縣奉晉帝爲平固王，車旗正朔一如舊典。」遷帝居尋陽，即陳留王處鄴宮故事。降永安皇后爲零陵君，琅邪王爲石陽縣公，武陵王遵爲彭澤縣侯。追尊其父溫宣武皇帝，廟稱太廟，南康公主爲宣皇后。封子昇爲豫章郡王，叔父雲孫放之爲寧都縣王，豁孫稚玉爲臨沅縣王，豁次子石康爲右將軍、武陵郡王，祕子蔚爲醴陵縣王，贈沖太傅、宣城郡王，加殊禮，依晉安平王故事，以孫胤襲爵，爲吏部尚書，沖次子謙爲揚州刺史、新安郡王，謙弟脩爲撫軍大將軍、安成郡王，兄歆臨賀縣王，禕富陽縣王，贈偉侍中、大將軍、義興郡王，以子濬襲爵，爲輔國將軍，濬弟邈西昌縣王。封王謐爲武昌公，班劍二十人，卞範之爲臨汝公，殷仲文爲東興公，馮該爲魚復侯。又降始安郡公爲縣公，長沙爲臨湘縣公，廬陵爲巴丘縣公，各千戶。其康樂、武昌、南昌、望蔡、建興、永脩、觀陽皆降封百戶，公侯之號如故。又普進諸征鎮軍號各有差。以相國左長史王綏爲中書令。崇桓謙母庾氏爲宣城太妃，加殊禮，給以輦乘。號溫墓曰永崇陵，置守衛四十人。
玄入建康宮，逆風迅激，旍旗儀飾皆傾偃。及小會于西堂，設妓樂，殿上施絳綾帳，縷黃金爲顏，四角作金龍，頭銜五色羽葆旒蘇，群臣竊相謂曰：「此頗似轜車，亦王莽仙蓋之流也。龍角，所謂亢龍有悔者也。」又造金根車，駕六馬。是月，玄臨聽訟觀閱囚徒，罪無輕重，多被原放。有干輿乞者，時或卹之。其好行小惠如此。自以水德，壬辰，臘于祖。臘于祖「于」，各本誤作「子」，今從宋本。改尚書都官郎爲賊曹，又增置五校、三將及強弩、積射武衛官。元興三年，玄之永始二年也，尚書答「春蒐」字誤爲「春菟」，凡所關署皆被降黜。玄大綱不理，而糾擿纖微，皆此類也。以其妻劉氏爲皇后，將修殿宇，乃移入東宮。又開東掖、平昌、廣莫及宮殿諸門，皆爲三道。更造大輦，容三十人坐，以二百人舁之。性好畋遊，以體大不堪乘馬，又作徘徊輿，施轉關，令迴動無滯。既不追尊祖曾，疑其禮儀，問於群臣。散騎常侍徐廣據晉典宜追立七廟，又敬其父則子悅，位彌高者情理得申，道愈廣者納敬必普也。玄曰：「禮云三昭、三穆，與太祖爲七，然則太祖必居廟之主也，昭穆皆自下之稱，則非逆數可知也。禮，太祖東向，左昭右穆。如晉室之廟，則宣帝在昭穆之列，不得在太祖之位。昭穆既錯，太祖無寄，失之遠矣。」玄曾祖以上名位不顯，故不欲序列，且以王莽九廟見譏於前史，遂以一廟矯之，郊廟齋二日而已。祕書監卞承之曰：「祭不及祖，知楚德之不長也。」又毀晉小廟以廣臺榭。其庶母蒸嘗，靡有定所，忌日見賓客遊宴，唯至亡時一哭而已。期服之內，不廢音樂。玄出遊水門，飄風飛其儀蓋。夜，濤水入石頭，大桁流壞，殺人甚多。大風吹朱雀門樓，上層墜地。
玄自篡盜之後，驕奢荒侈，遊獵無度，以夜繼晝。兄偉葬日，旦哭晚遊，或一日之中屢出馳騁。性又急暴，呼召嚴速，直官咸繫馬省前，禁內讙雜，無復朝廷之體。於是百姓疲苦，朝野勞瘁，怨怒思亂者十室八九焉。於是劉裕、劉毅、何無忌等共謀興復。裕等斬桓脩於京口，斬桓弘於廣陵，河內太守辛扈興、弘農太守王元德、振威將軍童厚之、竟陵太守劉邁謀爲內應。至期，裕遣周安穆報之，而邁惶遽，遂以告玄。玄震駭，即殺扈興等，安穆馳去得免。封邁重安侯，重安侯「重安」，各本作「安重」，地理志無安重，宋書、南史武帝紀、通鑑一一三均作「重安」，今據改。一宿又殺之。
裕率義軍至竹里，玄移還上宮，百僚步從，召侍官皆入止省中。赦揚、豫、徐、兗、青、冀六州，加桓謙征討都督、假節，以殷仲文代桓脩，遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷北距義軍。裕等於江乘與戰，臨陣斬甫之，進至羅落橋，與敷戰，復梟其首。玄聞之大懼，乃召諸道術人推算數爲厭勝之法，乃問眾曰：「朕其敗乎？」曹靖之對曰：「神怒人怨，臣實懼焉。」玄曰：「人或可怨，神何爲怒？」對曰：「移晉宗廟，飄泊失所，大楚之祭，不及於祖，此其所以怒也。」玄曰：「卿何不諫？」對曰：「輦上諸君子皆以爲堯舜之世，臣何敢言！」玄愈忿懼，使桓謙、何澹之屯東陵，卞範之屯覆舟山西，眾合二萬，以距義軍。裕至蔣山，使羸弱貫油帔登山，分張旗幟，數道並前。玄偵候還云：「裕軍四塞，不知多少。」玄益憂惶，遣武衛將軍庾頤之配以精卒，副援諸軍。於時東北風急，義軍放火，煙塵張天，鼓譟之音震駭京邑。劉裕執鉞麾而進，謙等諸軍一時奔潰。玄率親信數千人聲言赴戰，遂將其子昇、兄子濬出南掖門，西至石頭，使殷仲文具船，相與南奔。
初，玄在姑孰，將相星屢有變；篡位之夕，月及太白，又入羽林，玄甚惡之。及敗走，腹心勸其戰，玄不暇答，直以策指天。而經日不得食，左右進以粗飯，咽不能下。昇時年數歲，抱玄胸而撫之，玄悲不自勝。
劉裕以武陵王遵攝萬機，立行臺，總百官。遣劉毅、劉道規躡玄，誅玄諸兄子及石康兄權、振兄洪等。
玄至尋陽，江州刺史郭昶之給其器用兵力。殷仲文自後至，望見玄舟，旌旗輿服備帝者之儀，歎息曰：「敗中復振，故可也。」玄於是逼乘輿西上。桓歆聚黨向歷陽，宣城內史諸葛長民擊破之。玄於道作起居注，敘其距義軍之事，自謂經略指授，算無遺策，諸將違節度，以致虧喪，非戰之罪。於是不遑與群下謀議，唯耽思誦述，宣示遠近。玄至江陵，石康納之，張幔屋於城南，署置百官，以卞範之爲尚書僕射，其餘職多用輕資。於是大修舟師，曾未三旬，眾且二萬，樓船器械甚盛。謂其群黨曰：「卿等並清塗翼從朕躬，都下竊位者方應謝罪軍門，其觀卿等入石頭，無異雲霄中人也。」
玄以奔敗之後，懼法令不肅，遂輕怒妄殺，人多離怨。殷仲文諫曰：「陛下少播英譽，遠近所服，遂掃平荊雍，一匡京室，聲被八荒矣。既據有極位，而遇此圮運，非爲威不足也。百姓喁喁，想望皇澤，宜弘仁風，以收物情。」玄怒曰：「漢高、魏武幾遇敗，但諸將失利耳！以天文惡，故還都舊楚，而群小愚惑，妄生是非，方當糾之以猛，未宜施之以恩也。」玄左右稱玄爲「桓詔」，桓胤諫曰：「詔者，施於辭令，不以爲稱謂也。漢魏之主皆無此言，唯聞北虜以苻堅爲『苻詔』耳。願陛下稽古帝則，令萬世可法。」玄曰：「此事已行，今宣敕罷之，更爲不祥。必其宜革，可待事平也。」荊州郡守以玄播越，或遣使通表，有匪寧之辭，玄悉不受，仍乃更令所在表賀遷都。仍乃更令所在表賀遷都校文：「乃」字衍。
玄遣遊擊將軍何澹之、武衛將軍庾稚祖、庾稚祖周校：安紀作「庾稚」。江夏太守桓道恭就郭銓以數千人守湓口。又遣輔國將軍桓振往義陽聚眾，至弋陽，爲龍驤將軍胡譁所破，振單騎走還。何無忌、劉道規等破郭銓、何澹之、郭昶之於桑落洲，進師尋陽。玄率舟艦二百發江陵，使苻宏、羊僧壽爲前鋒。以鄱陽太守徐放爲散騎常侍，欲遣說解義軍，謂放曰：「諸人不識天命，致此妄作，遂懼禍屯結，不能自反。卿三州所信，可明示朕心，若退軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。江水在此，朕不食言。」放對曰：「劉裕爲唱端之主，劉毅兄爲陛下所誅，並不可說也。輒當申聖旨於何無忌。」玄曰：「卿使若有功，當以吳興相敘。」放遂受使，入無忌軍。
魏詠之破桓歆於歷陽，諸葛長民又敗歆於芍陂，歆單馬渡淮。毅率道規及下邳太守孟懷玉與玄戰於崢嶸洲。於時義軍數千，玄兵甚盛，而玄懼有敗衄，常漾輕舸於舫側，故其眾莫有鬥心。義軍乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁，郭銓歸降。玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人，襲破尋陽城，毅遣建威將軍劉懷肅討平之。玄留永安皇后及皇后於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散軍，因叛玄，奉二后奔於夏口。玄入江陵城，馮該勸使更下戰，玄不從，欲出漢川，投梁州刺史桓希，而人情乖阻，制令不行。玄乘馬出城，至門，左右於闇中斫之，不中，前後相殺交橫，玄僅得至船。於是荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之率文武營衛。
時益州刺史毛璩使其從孫祐之、參軍費恬送弟璠喪葬江陵，有眾二百，璩弟子修之爲玄屯騎校尉，誘玄以入蜀，玄從之。達枚回洲，恬與祐之迎擊玄，矢下如雨。玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，並中數十箭而死。玄被箭，其子昇輒拔去之。益州督護馮遷抽刀而前，玄拔頭上玉導與之，仍曰：「是何人邪？敢殺天子！」遷曰：「欲殺天子之賊耳。」遂斬之，時年三十六。又斬石康及濬等五級，庾頤之戰死。昇云：「我是豫章王，諸君勿見殺。」送至江陵市斬之。
初，玄在宮中，恒覺不安，若爲鬼神所擾，語其所親云：「恐己當死，故與時競。」元興中，衡陽有雌雞化爲雄，八十日而冠萎。冠萎「冠萎」下各本有「具」字，今依五行志上、御覽九一八引刪。及玄建國於楚，衡陽屬焉，自篡盜至敗，時凡八旬矣。其時有童謠云：「長干巷，巷長干，今年殺郎君，後年斬諸桓。」其凶兆符會如此。郎君，謂元顯也。
是月，王騰之奉帝入居太府。桓謙亦聚眾沮中，爲玄舉哀，立喪庭，僞諡爲武悼皇帝。毅等傳送玄首，梟於大桁，百姓觀者莫不欣幸。
何無忌等攻桓謙於馬頭，桓蔚於龍洲，皆破之。義軍乘勝競進，振、該等距戰於靈溪，道規等敗績，死沒者千餘人。義軍退次尋陽，更繕舟甲。毛璩自領梁州，遣將攻漢中，殺桓希。江夏相張暢之、高平太守劉懷肅攻何澹之於西塞磯，破之。振遣桓蔚代王曠守襄陽。道規進討武昌，破僞太守王旻。魏詠之、劉藩破桓石綏於白茅。義軍發尋陽。桓亮自號江州刺史，侵豫章，江州刺史劉敬宣討走之。義軍進次夏口。僞鎮東將軍馮該等守夏口，揚武將軍孟山圖據魯城，輔國將軍桓山客守偃月壘。桓山客見卷八五校記。下同。劉毅攻魯城，道規攻偃月壘，無忌與檀祗列艦中流，以防越逸。義軍騰赴，叫聲動山谷，自辰及午，二城俱潰，馮該散走，生擒山客。毅等平巴陵。毛璩遣涪陵太守文處茂東下，振遣桓放之爲益州，屯夷陵，處茂距戰，放之敗走，還江陵。
義熙元年正月，南陽太守魯宗之起義兵襲襄陽，破僞雍州刺史桓蔚。無忌諸軍次江陵之馬頭，振擁帝出營江津。魯宗之率眾於柞溪，破僞武賁中郎溫楷，進至紀南。振自擊宗之，宗之失利。時蜀軍據靈溪，毅率無忌、道規等破馮該軍，推鋒而前，即平江陵。振見火起，知城已陷，乃與謙等北走。是日，安帝反正。大赦天下，唯逆黨就戮，詔特免桓胤一人。桓亮自豫章，自號鎮南將軍、湘州刺史。苻宏寇安成、廬陵，劉敬宣遣將討之，宏走入湘中。二月，桓謙、何澹之、溫楷等奔於姚興。桓振與宏出自溳城，襲破江陵，劉懷肅自雲杜伐振等，破之。廣武將軍唐興斬振及僞輔國將軍桓珍，毅於臨鄣斬僞零陵太守劉叔祖。臨鄣劉毅傳「鄣」作「嶂」，當從之。桓亮、苻宏復出寇湘中，害郡守長吏，檀祗討宏於湘東，斬之，廣武將軍郭彌斬亮於益陽，其餘擁眾假號皆討平之。詔徙桓胤及諸黨與於新安諸郡。
三年，東陽太守殷仲文與永嘉太守駱球謀反，欲建桓胤爲嗣，曹靖之、桓石松、卞承之、劉延祖等潛相交結，劉裕以次收斬之，并誅其家屬。後桓謙走入蜀，蜀賊譙縱以謙爲荊州刺史，使率兵而下，荊楚之眾多應之。謙至枝江，荊州刺史劉道規斬之，梁州刺史傅歆又斬桓石綏，桓氏遂滅。
卞範之字敬祖，濟陰宛句人也。宛句見卷一四校記。識悟聰敏，見美於當世。太元中，自丹楊丞爲始安太守。桓玄少與之遊，及玄爲江州，引爲長史，委以心膂之任，潛謀密計，莫不決之。後玄將爲篡亂，以範之爲丹楊尹。範之與殷仲文陰撰策命，進範之爲征虜將軍、散騎常侍。玄僭位，以範之爲侍中，班劍二十人，進號後將軍，封臨汝縣公。其禪詔，即範之文也。
玄既奢侈無度，範之亦盛營館第。自以佐命元勳，深懷矜伐，以富貴驕人，子弟傲慢，眾咸畏嫉之。義軍起，範之屯兵於覆舟山西，爲劉毅所敗，隨玄西走，玄又以範之爲尚書僕射。玄爲劉毅等所敗，左右分散，唯範之在側。玄平，斬於江陵。
殷仲文，南蠻校尉覬之弟也。少有才藻，美容貌。從兄仲堪薦之於會稽王道子，即引爲驃騎參軍，甚相賞待。俄轉諮議參軍，後爲元顯征虜長史。會桓玄與朝廷有隙，玄之姊，仲文之妻，疑而間之，左遷新安太守。仲文於玄雖爲姻親，而素不交密，及聞玄平京師，便棄郡投焉。玄甚悅之，以爲諮議參軍。時王謐見禮而不親，卞範之被親而少禮，而寵遇隆重，兼於王、卞矣。玄將爲亂，使總領詔命，以爲侍中，領左衛將軍。玄九錫，仲文之辭也。
初，玄篡位入宮，其床忽陷，群下失色，仲文曰：「將由聖德深厚，地不能載。」玄大悅。以佐命親貴，厚自封崇，輿馬器服，窮極綺麗，後房伎妾數十，絲竹不絕音。性貪吝，多納貨賄，家累千金，常若不足。玄爲劉裕所敗，隨玄西走，其珍寶玩好悉藏地中，皆變爲土。至巴陵，因奉二后投義軍，而爲鎮軍長史，轉尚書。
帝初反正，抗表自解曰：「臣聞洪波振壑，川無恬鱗；驚飆拂野，林無靜柯。何者？勢弱則受制於巨力，質微則無以自保。於理雖可得而言，於臣實非所敢譬。昔桓玄之代，誠復驅逼者眾。至如微臣，罪實深矣，進不能見危授命，亡身殉國；退不能辭粟首陽，拂衣高謝。遂乃宴安昏寵，叨昧僞封，錫文篡事，曾無獨固。名義以之俱淪，情節自茲兼撓，宜其極法，以判忠邪。會鎮軍將軍劉裕匡復社稷，大弘善貸，佇一戮於微命，申三驅於大信，既惠之以首領，又申之以縶維。於時皇輿否隔，天人未泰，用忘進退，是以僶俛從事，自同令人。今宸極反正，唯新告始，憲章既明，品物思舊，臣亦胡顏之厚，可以顯居榮次！乞解所職，待罪私門。違離闕庭，乃心慕戀。」詔不許。
仲文因月朔與眾至大司馬府，府中有老槐樹，顧之良久而歎曰：「此樹婆娑，無復生意！」仲文素有名望，自謂必當朝政，又謝混之徒疇昔所輕者，並皆比肩，常怏怏不得志。忽遷爲東陽太守，意彌不平。劉毅愛才好士，深相禮接，臨當之郡，游宴彌日。行至富陽，慨然歎曰：「看此山川形勢，當復出一伯符。」何無忌甚慕之。東陽，無忌所統，仲文許當便道修謁，無忌故益欽遲之，令府中命文人殷闡、孔甯子之徒撰義構文，以俟其至。仲文失志恍惚，遂不過府。無忌疑其薄己，大怒，思中傷之。時屬慕容超南侵，無忌言於劉裕曰：「桓胤、殷仲文乃腹心之疾，北虜不足爲憂。」義熙三年，又以仲文與駱球等謀反，及其弟南蠻校尉叔文並伏誅。仲文時照鏡不見其面，數日而遇禍。
仲文善屬文，爲世所重，謝靈運嘗云：「若殷仲文讀書半袁豹，則文才不減班固。」言其文多而見書少也。
史臣曰：桓玄纂凶，父之餘基。挾姦回之本性，含怒於失職；苞藏其豕心，抗表以稱冤。登高以發憤，觀釁而動，竊圖非望。始則假寵於仲堪，俄而戮殷以逞欲，遂得據全楚之地，驅勁勇之兵，因晉政之陵遲，乘會稽之酗醟，縱其狙詐之計，扇其陵暴之心，敢率犬羊，稱兵內侮。天長喪亂，凶力實繁，踰年之間，奄傾晉祚，自謂法堯禪舜，改物君臨，鼎業方隆，卜年惟永。俄而義旗電發，忠勇雷奔，半辰而都邑廓清，踰月而凶渠即戮，更延墜曆，復振頹綱。是知神器不可以闇干，天祿不可以妄處者也。夫帝王者，功高宇內，道濟含靈，龍宮鳳曆表其祥，彤雲玄石呈其瑞，然後光臨大寶，克享鴻名，允徯后之心，副樂推之望。若桓玄之幺麼，豈足數哉！適所以干紀亂常，傾宗絕嗣，肇金行之禍難，成宋氏之驅除者乎！
贊曰：靈寶隱賊，世載凶德。信順未孚，姦回是則。肆逆遷鼎，憑威縱慝。違天虐人，覆宗殄國。